8 апреля 1993 года здание Богоявленской церкви, где до этого располагался Орловский кукольный театр, было передано приходской общине этого храма в бессрочное и безвозмездное пользование.

Богоявленский собор является старейшим каменным зданием города, единственной сохранившейся постройкой исторического ядра города, где когда-то стояла Орловская крепость.

В 1996 году после ремонтно-восстановительных работ состоялось его освящение. Рядом с церковью возвели часовню «Во имя Всех Святых». В конце 2015 года завершили воссоздание колокольни, и Богоявленский храм вновь обрёл завершённый облик.